灵化是一种能让武器通过完成挑战获得进化并解锁强大新形态的强化系统，灵化一把武器需要完成前置任务，获取武器或灵化之源，然后通过完成一系列挑战来解锁其潜力。首先需要完成主线任务扎里曼的天使才能解锁灵化系统的基础功能，对于通过灵化之源来灵化原有武器的方式，则还需要完成双衍悖论主线并解锁钢铁之路。灵化武器的来源主要有两类，一类是完整的灵化武器，例如扎里曼号上的凤殁、奏凯和双雄，它们的蓝图可以在完成扎里曼的天使后，在羽化之穹的卡瓦莱罗处用坚守者声望购买。

另一类则是为已有的普通武器安装灵化之源，这些灵化之源可以从钢铁之路难度下的双衍悖论无尽回廊中获得，也可以在卡瓦莱罗处直接花费白金购买。获得灵化武器或者为武器安装好灵化之源后，下一步就是通过完成进化挑战来强化它。每把灵化武器都有5个进化阶段，进化阶段一通常要求使用该武器击杀一定数量的敌人。

后续的进化挑战则各不相同，例如要求使用武器的灵化形态击杀卓越者单位，或者在对战虚空天使时完成爆头。这些挑战的进度会在任务间保留，不必在一次任务中完成全部。完成挑战后需要前往羽化之穹找到卡瓦莱罗，选择进化灵化武器来应用进化效果。从进化阶段二开始，每个阶段通常提供三种不同的增益效果供选择，并且之后可以随时免费更换。

灵化形态会消耗充能条作为弹药，打光后会自动切回普通模式。近战灵化武器的激活方式不同，一般需要先达到5x或6x的近战连击倍率，然后通过重击来激活灵化形态，该形态会持续一段时间。